在少年三国志的后期阶段，阵容搭配的核心在于武将之间的协同效应和资源集中培养。后期最强阵容通常需要围绕核心武将展开，优先选择具备高输出或强力控制能力的武将，同时搭配辅助型武将以提升整体生存能力。阵营加成和缘分系统是后期阵容构建的关键因素，同一阵营的武将组合能够激活额外属性加成，而缘分关系则能进一步强化武将的战斗力。资源分配需偏向核心武将，确保其等级、装备和宝物达到最高水准，同时保持队伍的整体平衡性。
蜀国后期阵容推荐以马超、魏延、黄忠、赵云和刘备为核心。该阵容的优势在于高爆发输出和稳定的控制能力，马超和魏延的组合技能能造成巨额伤害，黄忠和赵云则提供前排压制，刘备作为辅助可增强队伍的续航能力。魏国最强阵容通常由司马懿、贾诩、郭嘉、张辽和张郃组成，这套阵容兼具物理与魔法输出，郭嘉的回复技能弥补了防御短板，司马懿的减怒效果在后期战斗中尤为关键。吴国阵容侧重持续输出和控制，孙尚香、太史慈、步练师、吕蒙和孙策的组合能有效利用迟缓效果提升暴击率。
群雄阵容在后期同样具备竞争力，卢植、于吉、公孙瓍、张角和华佗的组合以持久战见长。张角和于吉提供稳定输出和控制，华佗的清除负面状态能力大幅提升生存率，卢植的增益效果可强化全队输出。需后期阵容需根据战斗场景灵活调整，竞技场偏向均衡型阵容，副本则需针对敌方特性选择破防或高爆发武将。武将培养应优先提升核心输出角色的暴击、攻击和速度属性，辅助武将则侧重生命和防御。
后期阵容的站位和技能释放顺序对战斗结果影响显著。前排通常放置高防御或具备控制技能的武将，后排优先部署远程输出和治疗单位。军师技能的选择需与阵容特性契合，例如控制型阵容搭配增伤军师，防御型阵容选择回复或护盾类技能。武将突破和天命系统是后期提升战力的重要途径，突破等级越高，武将的基础属性和技能效果越强。天命系统提供的额外加成需根据武将定位针对性激活，例如输出武将优先选择攻击和暴击加成，坦克武将则侧重生命和防御。
