化石是获取化石翼龙的关键道具，其获取位置和复活流程在游戏中具有明确的设定。玩家需前往达西市博物馆右侧区域，此处道路被小树阻挡，必须使用秘传学习器居合斩清除障碍才能进入屋内。与屋内研究人员对话后，可直接获得道具神秘的琥珀。需居合斩需由同行宝可梦习得并施展，若尚未获得该技能，需先推进主线剧情至枯叶市道馆，完成挑战后从圣安奴号船长处取得。
获得神秘的琥珀后，其仅为待复活的道具。复活地点固定在红莲岛的宝可梦研究所，玩家需携带该道具前往岛屿东南部的实验室。与研究所内科学家对话触发复活程序，化石翼龙将直接加入队伍。此过程需确保队伍存在至少一个空位，否则无法接收复活后的宝可梦。红莲岛需通过20号水道抵达，通常需完成浅红市道馆挑战并获得冲浪技能后方可到达。
在月见山深处，击败火箭队成员后可选择甲壳化石或贝壳化石，二者分别对应化石盔与菊石兽。此类化石同样需在红莲岛研究所复活。但琥珀化石作为化石翼龙的唯一获取途径，其位置更具探索性，不直接关联主线进程，需玩家主动寻找隐藏路径。
复活后的化石翼龙初始等级为5级，属性为岩石与飞行双系。该宝可梦以高速与高攻击见长，可习得翅膀攻击、咬碎等强力招式，在后期战斗中具有显著战术价值。因其无法通过野外捕捉获得，琥珀化石成为收服该物种的必要条件。若在尼比市未取得琥珀，则无法通过常规手段重复获取，需借助特殊事件或交换补充。化石的获取依赖于居合斩技能的及时应用及红莲岛进度的推进。玩家需在尼比市博物馆右侧的隐藏房屋完成交互，并在复活阶段预留队伍空位，方能成功将化石转化为可用的化石翼龙。该流程体现了游戏设计中对探索要素与关键道具联动的重视。
