武将分配是决定战局胜负的核心因素之一。合理的武将搭配能够最大化队伍的输出、防御或控制能力，而错误的分配则可能导致资源浪费或战斗失利。武将分配需综合考虑阵营加成、兵种适性、战法联动以及主副将定位。国家队组合能激活10%属性加成，例如蜀国的刘备、关羽、张飞组合，不仅触发缘分效果，还能享受阵营增益。
主将通常选择高输出或高生存能力的武将，例如赵云、吕布等，因其自带战法往往具备主将加成效果。副将则侧重辅助或补足短板，例如诸葛亮可提供控制与谋略输出，曹操则擅长减伤与增益。需注意主将阵亡会导致战斗失败，因此需确保其兵力充足且防御能力达标。战法搭配需遵循互补原则，例如主将携带高爆发战法，副将配备治疗或减伤类技能，形成攻守兼备的体系。
资源分配需兼顾开荒与后期作战需求。开荒阶段优先培养低统御值且具备稳定输出的武将，如孙坚、乐进等，搭配工具人武将快速占领低级资源地。后期则需围绕核心武将组建主力队伍，例如司马懿、陆逊等，并为其配置高级战法。内政武将的分配同样重要，委任高政治属性武将管理农场、伐木场等设施，魅力型武将则适合寻访与锻造，以优化资源产出效率。
特殊阵容如三势阵、潜龙阵等对武将分配有独特要求。三势阵需三名不同阵营武将激活，例如贾诩、赵云、左慈的组合，利用高发动率战法触发联动效果。潜龙阵则需主将具备高适应性，副将提供辅助功能，例如王元姬、孙权、关银屏的组合。此类阵容虽强度较高，但需严格匹配战法与兵书，否则易出现输出不足或防御漏洞的问题。
