暗流故事任务是第二银河中一条充满阴谋与冲突的支线，完成该任务需要破解信标并前往多个星系。任务流程从沙茨克出发，经过柯林斯（26跳）、斯巴达（2跳）、海丽德伦（4跳），最后抵达亚萨（8跳）和安塔基亚。在抵达海丽德伦时需破解信标，这是关键步骤之一。任务过程中需注意星系间的跳跃距离，提前规划路线以避免燃料不足或遭遇意外战斗。
仇恨机制在任务中体现为NPC之间的敌对关系，尤其是涉及弗罗伦纳人与萨克人的冲突。任务剧情揭示了弗罗伦纳人长期受压迫的背景，而萨克人作为既得利益者试图掩盖真相。玩家需在任务中平衡双方关系，避免因选择偏向某一方而触发额外战斗。部分任务节点需要与特定NPC对话或击败敌对目标，建议提前装备高抗性舰船以应对突发战斗。
任务中的解密环节需回答一系列哲学性问题，答案依次为五光十色的盒子回归真实的超脱精心设计的游戏打破幕墙的撞锤检修世界的时刻一切归零的超脱。这些答案暗示了游戏世界观中虚拟与现实的界限，正确回答可解锁后续剧情。若回答错误需重新接取任务，因此建议提前记录答案。
任务最终阶段需在安塔基亚星系击败特殊关卡中的敌人，该敌人拥有高伤害输出和锁血机制，建议采用远程放风筝战术。完成关卡后可获得大量矿物奖励，同时解锁成就。整个任务线耗时较长，但剧情深度和奖励价值较高，适合喜欢探索游戏背景的玩家。
